El tema de las autodefensas y las policías comunitarias ha provocado mucha polémica y confusión entre la izquierda en México. Se ha señalado las diferencias entre las policías comunitarias, las cuales tienen un vínculo orgánico con la población y son controladas por asambleas y, por otra parte, las autodefensas, que son organizaciones que no están bajo el control democrático de la población. Se critica además la falta de programa político de estas organizaciones y se cuestiona el origen de su armamento, se señala las posibles vinculaciones con el crimen organizado (se ha señalado la vinculación del líder comunitario Juan José Farías), incluso se han hecho comparaciones entre los paramilitares colombianos y las guardias comunitarias en México, este fenómeno sería parte de una estrategia truculenta del gobierno.